O ambiente no qual os Sambaquis são encontrados mudou muito ao longo do tempo. No período de 8.000 a 6.000 anos atrás as temperaturas foram aumentando, até que por volta dos 5.000 anos atrás houve um declínio no nível de sal do ambiente, o que possibilitou a formação dos pântanos e banhados. Houve também um aumento de temperatura, o que criou condições climáticas favoráveis que contribuíram para a expansão do número de espécies tropicais, tornando-as mais próximas às que temos hoje.

A subsistência de grupos que não utilizavam a agricultura dependia fortemente da caça, da pesca e da coleta. Então, viver em um ambiente diverso possibilitava que as fontes de alimentação fossem múltiplas e abundantes. Nos sambaquis, essa diversidade era observada na ampla quantidade de espécies de animais aquáticos que compunham a alimentação dos grupos que o habitavam – que incluía não só uma grande infinidade de peixes e moluscos, mas também de mamíferos marinhos, como golfinhos e até baleias. Além da fauna de ambientes a quáticos, também são encontradas diversas aves e mamíferos terrestres como porcos do mato e ratões do banhado.

Essa diversidade encontrada entre as camadas arqueológicas do sambaqui é um indicativo não apenas de uma alimentação múltipla e abundante, como também um indicativo de uma relação deveras conectada entre a população e o meio ambiente.